有機食用菌栽培所用原料包括主料和輔料，有木屑、棉籽皮、作物秸桿、動物糞便、玉米芯、棉籽餅、豆餅、麩皮、米糠和礦物質(zhì)等。這些物料經(jīng)過玉米芯粉碎機粉碎之后就可以用作食用菌的原料了。物性有機原料如農(nóng)作物秸桿、玉米芯、棉籽皮、果樹枝、麩皮、玉米粉等須來源于經(jīng)過認證的有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)企業(yè)順耕種過程中嚴格遵守不使用轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品、化肥、農(nóng)藥等禁用物質(zhì)。保證在整個運輸貯存過程中不接觸化學物質(zhì)。動物性有機原料如牛糞、馬糞等應來源于以有機方式飼養(yǎng)的動物。飼養(yǎng)中做到：用天然飼料或有機飼料；不選用轉(zhuǎn)基因動物品種；以散養(yǎng)或福利的方式養(yǎng)殖動物。
木屑，美國、日本和歐盟都規(guī)定，有機食用菌生產(chǎn)所用的段木和木屑必須取自無污染的原始森林，而且保證在運輸過程中不被有害物質(zhì)污染。有人認為，在我們遠離城市的廣大林區(qū)，其段木和木屑應該視為有機原料用于有機食用菌生產(chǎn)。對于樹木的利用，應以不影其生長和環(huán)境的可持續(xù)發(fā)展為原則。而村莊、城市、路邊或田邊生長的樹木，不能做為有機原料用于生產(chǎn)。野草，實踐證明，對于草腐菌和某些木腐菌，用野草為原料進行栽培可以獲得較高產(chǎn)量。對于遠離村莊和農(nóng)田的高山或草原，其野草可以作為有機食用菌生產(chǎn)的原料。為提高某些食用菌品種的產(chǎn)量（主要是草腐菌），在原料中需加入少量有機肥，對于有機食用菌生產(chǎn)所加肥料應是有機認證機構(gòu)認證的有機肥。